تم تأسيس فرع الكيمياء التطبيقية في العام 2005 وكان يضمن عشرة منتسبين فقط وتم قبول الدول الاول في العام 2005-2006 وبحدود (50) طالباً ويضم المناهج الدراسية للمرحلة للمرحلة الاولى مواضيع تخص الكيمياء ، الفيزياء ، الرياضيات، الحاسبات، والمعامل وقد تم تخرج اول دفعة دراسية 2008-2009 ، حالياً في 2010 بلغ عدد منتسبي الفرع (38) من تدريسيين وفنيين واداريين يمنح خريجي فرع الكيمياء التطبيقية شهادة البكلويوس علوم في تخصص الكيمياء التطبيقية ويكون مؤهلا للعمل في مجالات الكيمياء المختلفة ( التطبيقية والصناعية والبحثية ) وقادر على تشخيص المعضلات واعطاء الحلول والقرارات العلمية التطبيقية من اجل خدمة المسيرة العلمية.