نشأ قسم العلوم التطبيقية عام 1976 وهو امتداد لقسم المواد العامة الذي كان موجوداً اصلاً ومن مهام القسم هو تدريس مادتي الرياضيات والفيزياء والموضيع ذات الصلة في أقسام الجامعة الهندسية وايضاً قبول الطلبة من حملة شهادة البكلوريوس في الفيزياء للحصول على شهادة الماجستير في الفيزياء التطبيقيةوالذي بدأ عام 1977-1978 وهي الاولى في هذه المؤسسة العلمية وعلى مرحلتين وهي الدبلوم العالي ولمدة سنة تقويمية , والماجستير للطلبة الذين يحققون معدل 70% في المقررات الدراسية للدبلوم العالي وبتوصية من المشرف للدبلوم العالي ومجلس القسم . تم افتتاح أول دراسة في الرياضيات التطبيقية عام 1985 وبعدها بعام واحد تم افتاح دراسة في الفيزياء التطبيقية يحصل الخريج على بكلوريوس علوم في أختصاصه وأستمر هذا الحال حتى وصل القسم الى ستة فروع علمية هي الفيزياء التطبيقية , الرياضيات التطبيقية , فيزياء الليزر , علم المواد , التقنيات الاحيائية و الكيمياء التطبيقية لكل فرع هيكله الخاص بدءأً من رئيس الفرع ومجلس الفرع واللجان العاملة فيه .